Dass im Bios immer die slebe Pri Master angezeigt wird kann ich mir nur erklären falls beide Platten identisch sind. Andernfalls musst du noch mal genau hinschauen, was du erzählst kann es gar nicht geben. Entweder da steht nix, oder kryptische Zeichen wenn die Platte einen Hardwarefehler hat, oder eben die richtige. Eine andere als die eingebaute wird unter Garantie nicht angezeigt! Stelle erstmal sicher, dass du alle anderen Platten und Laufwerke abstöpselst. Wenn du dann bootest sollte das BIOS logischerweise gar nix erkennen. Mit F3 oder ENTER kann man übrigens im selben Fenster die Neuerkennung der Laufwerke erzwingen.
Zum Fehler NTLDR: wenn in der Wiederherstellungskonsole der Befehl fixboot nix bringt und auch keine Reparaturinstallation, dann bleibt dir wirklich nur zu formatieren. Es gäbe da zwar noch Möglichkeiten, aber die kann man einfach nicht erklären, weil die meist bis zur Festplattenlogik runtergehen, wo man einzelne Bytes per Hand ändert.
Als Tipp sei noch PartitionMagic angebracht. Wenn du das mit eingebauter Platte von CD bootest, erkennt es eventuelle Partitionsfehler und repariert sie, auch wenn das SEHR riskant ist.